Kota Miura
LightNews LightNews
kotapub.bsky.social
Kota Miura
@kotapub.bsky.social
33 followers 37 following 590 posts
三浦耕太 フリーランスの生物画像解析研究者。「Imagejではじめる生物画像解析」共著者です。英語はkbias.bsky.social

自己紹介のインタビュー：https://doi.org/10.1242/jcs.261906

2017-2024の投稿は旧twitter(@kotapub)からの移行。
Posts Replies Media Videos
Pinned
kotapub.bsky.social
Kota Miura @kotapub.bsky.social · Sep 10
生物画像解析の国際ミーティングGloBIAS2025神戸カンファレンスのシンポジウム登録締め切りが9/15に迫っています。　5月に宣伝文を書いたのですが、その後の準備状況やプログラムの詳細、全世界からの160名強の参加者のことなどを含め、以下に書きました。おもしろそう！と思ったら、まだ登録可です。
bit.ly/GloBIAS2025K...
blogtng:2025-09-10:globias2025_登録締切間近 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
kotapub.bsky.social
subpixelの日本語訳は「亜画素」ですな。すでに用例がある。もともと、LEDの副画素をサブピクセルと呼んでいたので、混乱を避けるために亜画素としたほうがよろしいであろう。
September 30, 2025 at 10:51 AM
kotapub.bsky.social
動的輪郭法のこととか
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
blogtng:2025-09-23:活動輪郭法 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
September 23, 2025 at 10:19 PM
kotapub.bsky.social
生物画像解析の国際ミーティングGloBIAS2025神戸カンファレンスのシンポジウム登録締め切りが9/15に迫っています。　5月に宣伝文を書いたのですが、その後の準備状況やプログラムの詳細、全世界からの160名強の参加者のことなどを含め、以下に書きました。おもしろそう！と思ったら、まだ登録可です。
bit.ly/GloBIAS2025K...
blogtng:2025-09-10:globias2025_登録締切間近 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
September 10, 2025 at 5:40 PM
kotapub.bsky.social
Quarepで作った画像データ・解析の出版のためのチェックリスト、簡易化したものがNatureのジャーナル群で採用されました。ちとこれはマイルストーン。https://www.nature.com/articles/s41592-025-02738-8
June 23, 2025 at 6:37 AM
kotapub.bsky.social
会議後半のシンポジウムの内容について追記しました。
wiki.cmci.info/blogtng/2025...

#GloBIAS
blogtng:2025-05-19:globias神戸_2025 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
May 20, 2025 at 11:28 AM
kotapub.bsky.social
神戸のGloBIAS2025会議は、講習会、シンポジウム、ハッカソン、タガソンのいずれも登録の締切が6月15日まで伸びました。
www.globias.org/activities/b...
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025 Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan Registration via Google Forms here: https://tinyurl.com/3dtajhh6 Please follow the l...
www.globias.org
May 19, 2025 at 6:16 AM
Reposted by Kota Miura
yodosha-em.bsky.social
先月発行した書籍『型で実践する生物画像解析　ImageJ・Python・napari』の執筆者の多くが関わるGloBIASによる国際的な生物画像解析学会（トレーニングスクール，ハッカソン，シンポジウムなど）が，10月に理研神戸キャンパスで開催されます．詳細はリンク先をご覧ください．
www.globias.org/activities/b...
April 25, 2025 at 4:13 AM
Reposted by Kota Miura
kbts-sci.bsky.social
トランプ政権の予算削減で、ＮＩＨの女性を対象にした大規模な医療プログラム「Women’s Health Initiative」が終了へ。30年以上前から取り組んできた薬剤の臨床試験や、乳がんや骨粗鬆症の予防研究など世界をリードしてきた女性の健康研究が軒並み続けられなくなるそうです💔

NIH cancels its first and largest study centered on women | Science | AAAS www.science.org/content/arti...
NIH cancels its first and largest study centered on women
The Women’s Health Initiative has produced numerous influential findings
www.science.org
April 23, 2025 at 10:29 AM
Reposted by Kota Miura
dgaboriau.bsky.social
Programme in short:

13th June 2025

09:30 - 10:00 - Registration

10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction

10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase

12:00 - 13:00 - Lunch

13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops

6/n
April 14, 2025 at 2:52 PM
Reposted by Kota Miura
giuliapaci.bsky.social
Do you train people in bioimage analysis? Check out this great “train the trainers” workshop and sign up!
dgaboriau.bsky.social David Gaboriau @dgaboriau.bsky.social · Apr 14
The Royal Microscopical Society @royalmicrosoc.bsky.social Data Analysis in IMaging (RMS DAIM), with the support of the @crick.ac.uk Crick and Partners Networking Fund, is organising a “Train the Trainers in Bioimage Analysis” workshop.

1/n
April 15, 2025 at 9:05 AM
Reposted by Kota Miura
ahklemm.bsky.social
Ready to step into bioimage analysis in Python? The course mastermind 🧠 has just launched a new course:
simonfn.bsky.social Simon F. Nørrelykke @simonfn.bsky.social · Mar 24
This summer, we are running a one-week intensive workshop on Python-based BioImage Analysis.
Are there better ways to spend 6 days in mid-July in Boston?Probably.
Would you learn as much as you will here? Probably not.

Apply here:
iac.hms.harvard.edu/bobiac/2025
April 17, 2025 at 12:11 PM
Reposted by Kota Miura
focalplane.bsky.social
In this week’s preprint list, we focus on the latest research in bioimage analysis and data management.
Let us know if we are missing any recent preprints that you enjoyed.
#bioimageanalysis #datamanagement
focalplane.biologists.com
April 18, 2025 at 9:01 AM
kotapub.bsky.social
生物画像解析の国際カンファレンスGloBIAS Conference 2025を10月に神戸で開催します。以下のサイトに詳細がありますが、講習会、ハッカソン、タガソンとシンポジウム（トーク、ポスター、ソフトウェアラウンジ、call-4-helpという「救命救急」セッション）を組み合わせたマルチプレックスな会議。https://bsky.app/profile/globias.bsky.social/post/3lmxdvetfd22b
#GloBIAS #生物画像解析
April 16, 2025 at 8:01 PM
Reposted by Kota Miura
bethcimini.bsky.social
If you train people in ImageJ, Fiji, whatever, even if it isn't your day job, please let us know, and please share this post! Thanks a ton, we really appreciate it. (2/2) forms.gle/C8dUpg8qZkbD... #bioimaging #microscopy #bioimageanalysis
Open Source Bioimage Analysis Training Survey
We are attempting for a publication to estimate the number of biologists who have attended a tutorial or training course in open source bioimage analysis (especially user friendly tools, but anything ...
forms.gle
April 8, 2025 at 2:32 PM
kotapub.bsky.social
恵存です。

twitter.com/lab_nagai/st...
Takeharu Nagai on X: "三浦耕太さんから献本が届いた。 有り難く勉強させていただきます🧐 https://t.co/poccMX82eK" / X
三浦耕太さんから献本が届いた。 有り難く勉強させていただきます🧐 https://t.co/poccMX82eK
x.com
April 2, 2025 at 5:54 AM
Reposted by Kota Miura
jmutterer.bsky.social
I tricked ChatGPT into helping me create an #ImageJ macro language extension to create/process data in the XML format. It's available here for anyone to use: github.com/mutterer/XML...
March 31, 2025 at 12:09 PM
Reposted by Kota Miura
kinokuniyanew.bsky.social
型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari 実験医学別冊⁣ が、紀伊國屋電子書籍ストアで販売開始されました。
5leaf.jp/kinokuniya/dsg-08-EK...
型で実践する生物画像解析　ImageJ・Python・napari 実験医学別冊
著者：三浦耕太(編)/塚田祐基(編)　出版：株式会社羊土社　2025/3/28(金)配信
5leaf.jp
March 28, 2025 at 5:42 AM
Reposted by Kota Miura
the-node.bsky.social
🎉Congratulations to the Top 3 images from the Node–FocalPlane image competition!

1️⃣"Cell-estial bloom" by @oozguc.bsky.social
2️⃣"Dancing actinotroch" by @allancarbal.bsky.social
3️⃣"Who’s active?" by @jupeloggia.bsky.social

thenode.biologists.com/results-from...

@focalplane.bsky.social #biologists100
"Cell-estial bloom" Image from Özge Özgüç: A ‘Cell-estial bloom’ of human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) flourishes on a micropatterned island. This image presents a colony of live hiPSCs, with fluorescently labelled Lamin B delineating the nuclear lamina within each cell. Acquired with a Zeiss LSM 880 Airyscan microscope, this maximum intensity projection is enhanced with depth-coded coloring to reveal the captivating three-dimensional landscape. "Dancing actinotroch" by Allan Carrillo-Baltodano: Actinotroch larva of a phoronid worm with phalloidin shown in yellow and acetylated tubulin in magenta. Imaged with a Zeiss LSM 800 at 10 x magnification. "Who’s active?" by Julia Peloggia de Castro: The image depicts a zebrafish embryo at 9 hours post-fertilisation on a lateral view. Cells are stained with MitoTracker, which labels active mitochondria, and cell membranes are labelled in cyan with a EGFP transgenic membrane tag. Image was taken using a 20x objective on a spinning disk confocal microscope.
March 27, 2025 at 10:01 AM
kotapub.bsky.social
グレーバー『万物の黎明』　”私たちの祖先は、自由で平等な無邪気な存在（byルソー）か、凶暴で戦争好きな存在（byホッブズ）として扱われてきた。そして文明とは、本来の自由を犠牲にする（byルソー）か、あるいは人間の卑しい本能を手なずける（byホッブズ）ことによってのみ達成されると教えられてきた。実はこのような言説は、18世紀、アメリカ大陸の先住民の観察者や知識人たちによる、ヨーロッパ社会への強力な批判に対するバックラッシュとして初めて登場したものなのである。”　　アマゾンの紹介文より
March 26, 2025 at 8:34 AM
kotapub.bsky.social
本屋さんの書架にも並んだみたいです。https://twitter.com/IgakuJ/status/1904516884105744549
March 26, 2025 at 8:10 AM
Reposted by Kota Miura
ausbias.org
AusBIAS is now on bluesky! We have a website, a logo, and a dream to connect all the bioimage analysts in Australia.
March 24, 2025 at 8:50 AM
Reposted by Kota Miura
simonfn.bsky.social
This summer, we are running a one-week intensive workshop on Python-based BioImage Analysis.
Are there better ways to spend 6 days in mid-July in Boston?Probably.
Would you learn as much as you will here? Probably not.

Apply here:
iac.hms.harvard.edu/bobiac/2025
March 24, 2025 at 10:03 PM
Reposted by Kota Miura
yodosha-em.bsky.social
#APPW2025 と #再生医療学会 の先行販売でも大好評の『型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari』が本日発行🎉U-Net，YOLO，StarDist，Cellpose，DeepImageJ…などの画像解析の機械学習・深層学習ツールを使いこなすためのスキルが身につく書籍💪 📕目次はこちら↓ yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
March 24, 2025 at 11:04 AM
Reposted by Kota Miura
damiandn.bsky.social
For sure, we still work a ton in imageJ macro and it's one of our core tools.

I was amused by just how much I miss the little conveniences that come in Fiji vs vanilla imageJ.
March 21, 2025 at 11:24 AM
kotapub.bsky.social
おお！並んでいる！
twitter.com/Yodosha_EM/s...
羊土社 実験医学 on X: "本日から幕張メッセにて開催中の #APPW2025 に羊土社も出展しています！ 3月は多くの新刊が発行します！ 本学会初披露の書籍もあるので、参加される方は， 【展示ホール8羊土社ブース】へご来訪いただけると幸いです。 学会に関連する書籍はこちらからご覧いただけます。 https://t.co/jkGK3iBx7R https://t.co/KhfvzGQDwB" / X
本日から幕張メッセにて開催中の #APPW2025 に羊土社も出展しています！ 3月は多くの新刊が発行します！ 本学会初披露の書籍もあるので、参加される方は， 【展示ホール8羊土社ブース】へご来訪いただけると幸いです。 学会に関連する書籍はこちらからご覧いただけます。 https://t.co/jkGK3iBx7R https://t.co/KhfvzGQDwB
x.com
March 18, 2025 at 5:36 PM