Kota Miura
@kotapub.bsky.social
三浦耕太 フリーランスの生物画像解析研究者。「Imagejではじめる生物画像解析」共著者です。英語はkbias.bsky.social
自己紹介のインタビュー:https://doi.org/10.1242/jcs.261906
2017-2024の投稿は旧twitter(@kotapub)からの移行。
自己紹介のインタビュー:https://doi.org/10.1242/jcs.261906
2017-2024の投稿は旧twitter(@kotapub)からの移行。
なお、羊土社の「型で実践する生物画像解析」https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122801/ をご存知の方は、編者・著者の塚田さん(慶応)、大浪さん(理研)、京田さん(理研)、遠里さん(立命館)、河合さん(東大)、菅原さん(理研)、平塚さん(大阪がんセンター)がシンポジウムに参加するので、直接御本人たちと話せますよ!
September 10, 2025 at 6:06 PM
なお、羊土社の「型で実践する生物画像解析」https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122801/ をご存知の方は、編者・著者の塚田さん(慶応)、大浪さん(理研)、京田さん(理研)、遠里さん(立命館)、河合さん(東大)、菅原さん(理研)、平塚さん(大阪がんセンター)がシンポジウムに参加するので、直接御本人たちと話せますよ!
特にcall4helpは参加者が直前まで、生物画像解析の質問の登録ができます。call4helpについては上のブログに特に詳しくどのような感じなのかを説明しました。call4helpの専用サイトは以下です。
call4help.let-your-data-speak.com
call4help.let-your-data-speak.com
Call4help
This is a webpage used to present Image Analysis problems to the broader community.
call4help.let-your-data-speak.com
September 10, 2025 at 5:40 PM
特にcall4helpは参加者が直前まで、生物画像解析の質問の登録ができます。call4helpについては上のブログに特に詳しくどのような感じなのかを説明しました。call4helpの専用サイトは以下です。
call4help.let-your-data-speak.com
call4help.let-your-data-speak.com
採用、とはいえ、試行期間です。プロベーションですな。試行を経て、本格採用、という流れ。
June 23, 2025 at 6:39 AM
採用、とはいえ、試行期間です。プロベーションですな。試行を経て、本格採用、という流れ。
引用:In practice, we will ask our authors to fill out a detailed reporting checklist for their light microscopy data at the first round of revision, which will then be assessed by reviewers during the second round of review. … 以下省略
June 23, 2025 at 6:37 AM
引用:In practice, we will ask our authors to fill out a detailed reporting checklist for their light microscopy data at the first round of revision, which will then be assessed by reviewers during the second round of review. … 以下省略
生物画像解析の国際会議であるGloBIAS2025神戸の宣伝、断片的な連続投稿になってしまったので、以下にまとめました。ぜひ、関心のあるかたに転送してください。登録の締切は6/15です。
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
blogtng:2025-05-19:globias神戸_2025 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
May 19, 2025 at 10:33 AM
生物画像解析の国際会議であるGloBIAS2025神戸の宣伝、断片的な連続投稿になってしまったので、以下にまとめました。ぜひ、関心のあるかたに転送してください。登録の締切は6/15です。
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
wiki.cmci.info/blogtng/2025...
というわけで、この投稿を見た方はぜひとも周囲の生物画像解析に関心の有りそうなかたにお知らせください。
bit.ly/GloBIAS2025-...
bit.ly/GloBIAS2025-...
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025
Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan
Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan
Registration via Google Forms here:
https://tinyurl.com/3dtajhh6
Please follow the l...
bit.ly
May 19, 2025 at 6:16 AM
というわけで、この投稿を見た方はぜひとも周囲の生物画像解析に関心の有りそうなかたにお知らせください。
bit.ly/GloBIAS2025-...
bit.ly/GloBIAS2025-...
登録者の数は今のところ順調に伸びていますが、日本国外からの登録が殆どで、日本国内からの登録がとても少なく、せっかく日本での生物画像解析のイベントなのでちと残念に思っています。私も関わっている東アジアの生物画像解析ネットワークEABIAS(eabias.github.io) の発表などもあるので、この機会にメンバーと知り合い、加入することもできます。
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025
Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan
Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan
Registration via Google Forms here:
https://tinyurl.com/3dtajhh6
Please follow the l...
bit.ly
May 19, 2025 at 6:16 AM
登録者の数は今のところ順調に伸びていますが、日本国外からの登録が殆どで、日本国内からの登録がとても少なく、せっかく日本での生物画像解析のイベントなのでちと残念に思っています。私も関わっている東アジアの生物画像解析ネットワークEABIAS(eabias.github.io) の発表などもあるので、この機会にメンバーと知り合い、加入することもできます。
シンポジウムはトークが中心ですが、Open Source Software Loungeという、生物画像解析のさまざまなオープンソースのツールの開発者がラップトップを持ち込んで参加者と自由に交流する企画や、参加者が課題を持ち込んでその場で他の参加者(猛者多数)たちに解決のアドバイスを貰うcall4helpといったほかでは見られない企画もあります。
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025
Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan
Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan
Registration via Google Forms here:
https://tinyurl.com/3dtajhh6
Please follow the l...
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May 19, 2025 at 6:16 AM
シンポジウムはトークが中心ですが、Open Source Software Loungeという、生物画像解析のさまざまなオープンソースのツールの開発者がラップトップを持ち込んで参加者と自由に交流する企画や、参加者が課題を持ち込んでその場で他の参加者(猛者多数)たちに解決のアドバイスを貰うcall4helpといったほかでは見られない企画もあります。
講習会はPython-napariを使った講習会になります。NEUBIASで恒例化したこうしたマルチプレックスな会議をヨーロッパの外でやるのは初の試みですが、理研の大浪研の方々を中心とするチームがとても頑張ってくれていて開催準備は順調にすすんでいます。
May 19, 2025 at 6:16 AM
講習会はPython-napariを使った講習会になります。NEUBIASで恒例化したこうしたマルチプレックスな会議をヨーロッパの外でやるのは初の試みですが、理研の大浪研の方々を中心とするチームがとても頑張ってくれていて開催準備は順調にすすんでいます。
タガソンは、数年ぶりの開催になるので、その間に登場したさまざまな生物画像解析のツールやライブラリをBIII(https://biii.eu/)整理することが活動の中心になります。
May 19, 2025 at 6:16 AM
タガソンは、数年ぶりの開催になるので、その間に登場したさまざまな生物画像解析のツールやライブラリをBIII(https://biii.eu/)整理することが活動の中心になります。
ハッカソンとタガソンは自由に往来可能です。ハッカソンは2つのグループがあります。1) BIAFLOW(https://biaflows-sandbox.neubias.org/#/)とOmero-SSBD( ssbd.qbic.riken.jp )を繋げる。2) napariの開発(napariのコアチーム napari.org/%EF%BC%89
https://ssbd.qbic.riken.jp/)を繋げる。2
May 19, 2025 at 6:16 AM
ハッカソンとタガソンは自由に往来可能です。ハッカソンは2つのグループがあります。1) BIAFLOW(https://biaflows-sandbox.neubias.org/#/)とOmero-SSBD( ssbd.qbic.riken.jp )を繋げる。2) napariの開発(napariのコアチーム napari.org/%EF%BC%89
講習会に登録すると、後半のシンポジウムにも自動的に登録されます。通常は後半のシンポジウムにだけ登録になります。この場合、前半のハッカソンやタガソンに任意で参加することもできます。講習会の参加者は、時間的にかぶるのでハッカソンやタガソンには参加できません。
May 19, 2025 at 6:16 AM
講習会に登録すると、後半のシンポジウムにも自動的に登録されます。通常は後半のシンポジウムにだけ登録になります。この場合、前半のハッカソンやタガソンに任意で参加することもできます。講習会の参加者は、時間的にかぶるのでハッカソンやタガソンには参加できません。
複数のイベントが組み合わさっているので、少し解説すると、10月26日から31日までの会議は前半と後半に別れています。前半(26-29)は講習会、ハッカソン、タガソンが並行して開催されます。後半(29-31)はトーク中心のシンポジウム。
May 19, 2025 at 6:16 AM
複数のイベントが組み合わさっているので、少し解説すると、10月26日から31日までの会議は前半と後半に別れています。前半(26-29)は講習会、ハッカソン、タガソンが並行して開催されます。後半(29-31)はトーク中心のシンポジウム。
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Programme in short:
13th June 2025
09:30 - 10:00 - Registration
10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction
10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase
12:00 - 13:00 - Lunch
13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops
6/n
13th June 2025
09:30 - 10:00 - Registration
10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction
10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase
12:00 - 13:00 - Lunch
13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops
6/n
April 14, 2025 at 2:52 PM
Programme in short:
13th June 2025
09:30 - 10:00 - Registration
10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction
10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase
12:00 - 13:00 - Lunch
13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops
6/n
13th June 2025
09:30 - 10:00 - Registration
10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction
10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase
12:00 - 13:00 - Lunch
13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops
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