Valentin Loux
@vloux.bsky.social
Bioinformatics at @inrae-france.bsky.social
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Campagne de dons 2026 de Framasoft, un objectif de 250 000 € pour soutenir l'usage numérique éthique de 2 millions de bénéficiaires.
❤️ Pour soutenir l'association 👉 soutenir.framasoft.o...
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November 20, 2025 at 6:05 PM
Campagne de dons 2026 de Framasoft, un objectif de 250 000 € pour soutenir l'usage numérique éthique de 2 millions de bénéficiaires.
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🎉 À VOS AGENDAS !
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France
JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !
JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France
JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !
JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.
November 20, 2025 at 10:30 AM
🎉 À VOS AGENDAS !
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France
JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !
JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France
JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !
JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.
Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
November 12, 2025 at 12:17 PM
Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
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Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal
Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the
bioengineer.org
November 12, 2025 at 7:44 AM
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
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Rosalind Franklin, la véritable pionnière de ces travaux sur la découverte de la structure en double hélice de l'ADN, est morte en 1958 sans avoir jamais été reconnue comme la scientifique à l'origine des résultats qui ont valu le Nobel à Watson.
💪
💪
⚫ Le prix Nobel américain James Watson, qui révolutionné la science en découvrant la structure de l'ADN avec son collègue Francis Crick, est décédé à l'âge de 97 ans, a annoncé vendredi le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), avec lequel il a travaillé ⬇️
November 8, 2025 at 8:33 AM
Rosalind Franklin, la véritable pionnière de ces travaux sur la découverte de la structure en double hélice de l'ADN, est morte en 1958 sans avoir jamais été reconnue comme la scientifique à l'origine des résultats qui ont valu le Nobel à Watson.
💪
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"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent"
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"
danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"
danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...
“Il est probable que l’empreinte environnementale de l’IA soit aujourd’hui la plus faible jamais atteinte”
Alors que l’IA s’intègre peu à peu partout dans nos vies, les ressources énergétiques nécessaires à cette révolution sont colossales. Les ...
danslesalgorithmes.net
November 8, 2025 at 10:18 AM
"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent"
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"
danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"
danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...
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It was a really nice week working on building MiCoReCa, a catalogue of resources (tools, workflows, etc) for microbiome research, and more importantly networking with the large @elixir-europe.org community. Thank you all! See next year!
🚀👩💻🧑💻 End of this week of #BioHackEU25, organised by @elixir-europe.org , to advance all projects in synergy! Thank you to the IFB/ELIXIR-FR team (on-site and remotely), and to our colleagues at @genouest.bsky.social 👏
November 7, 2025 at 3:16 PM
It was a really nice week working on building MiCoReCa, a catalogue of resources (tools, workflows, etc) for microbiome research, and more importantly networking with the large @elixir-europe.org community. Thank you all! See next year!
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✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !
November 4, 2025 at 11:37 AM
✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !
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📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
November 4, 2025 at 8:43 AM
📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
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@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏
November 4, 2025 at 6:42 PM
@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏
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Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»
Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.
Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.
Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»
www.liberation.fr
October 30, 2025 at 10:47 PM
Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»
Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.
Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.
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🧠🥼🧬🧪🔬
Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social).
We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️
@comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social
Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social).
We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️
@comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social
Science projects are designed & funded on the scale of years, so what happens if you need to finish prematurely? @mhagenauer.bsky.social &co discuss solutions for quickly documenting partially finished projects & publishing ‘as you go’ in an uncertain environment @plosbiology.org 🧪 plos.io/4ovd1jH
October 22, 2025 at 7:50 PM
🧠🥼🧬🧪🔬
Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social).
We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️
@comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social
Last year at @sfn.org I ran a workshop on "Opening the File Drawer" with Ben Kolber, Stacey Winham, Paul Sternberg, & Alex Freeman (@alexandrafreeman.bsky.social).
We've shared the resources that we compiled for that workshop in this new paper. ❤️
@comm4rigor.bsky.social @ummni.bsky.social
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Our MARTi @nanoporetech.com paper is now out in @genomeresearch.bsky.social after several years of development (particularly Ned Peel and Sam Martin). We'd love to hear from users about how you're using it, or suggestions for new features. @earlhaminst.bsky.social
genome.cshlp.org/content/earl...
genome.cshlp.org/content/earl...
Real-time analysis and visualization of nanopore metagenomic samples with MARTi
An international, peer-reviewed genome sciences journal featuring outstanding original research that offers novel insights into the biology of all organisms
genome.cshlp.org
October 28, 2025 at 9:36 AM
Our MARTi @nanoporetech.com paper is now out in @genomeresearch.bsky.social after several years of development (particularly Ned Peel and Sam Martin). We'd love to hear from users about how you're using it, or suggestions for new features. @earlhaminst.bsky.social
genome.cshlp.org/content/earl...
genome.cshlp.org/content/earl...
Les crises font se rendre compte de nos faiblesses et peuvent favoriser l'apparition de solutions. L'europe a un rôle certain (et urgent !) à jouer pour diminuer notre dépendance aux outils financés par les États-Unis.
Fragilisée par les incertitudes géopolitiques et le désengagement de certains partenaires, comme les États-Unis, la coopération scientifique internationale esquisse les contours d’une souveraineté scientifique nouvelle, à la fois ouverte et durable.
À l’heure d’une souveraineté scientifique partagée
Fondée sur des décennies de confiance et d’échanges, la coopération scientifique internationale se voit aujourd’hui fragilisée par les incertitudes géopolitiq
www.cnrs.fr
October 28, 2025 at 1:28 PM
Les crises font se rendre compte de nos faiblesses et peuvent favoriser l'apparition de solutions. L'europe a un rôle certain (et urgent !) à jouer pour diminuer notre dépendance aux outils financés par les États-Unis.
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La Python Software Foundation a retiré sa demande de financement de 1,5 million de dollars auprès de la NSF, bien que sa proposition ait été acceptée.
Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.
👉 pyfound.blogspot.com...
Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.
👉 pyfound.blogspot.com...
October 28, 2025 at 11:30 AM
La Python Software Foundation a retiré sa demande de financement de 1,5 million de dollars auprès de la NSF, bien que sa proposition ait été acceptée.
Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.
👉 pyfound.blogspot.com...
Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.
👉 pyfound.blogspot.com...
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1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
October 27, 2025 at 5:53 PM
1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
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Science, volcanoes, and the Galaxy community...what more could you ask for? 🌋🇫
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...
2026 Galaxy Community Conference (GCC2026)
The annual gathering of the Galaxy Community with opportunities to hear latest developments, get training, and meet everyone involved.
galaxyproject.org
October 20, 2025 at 1:10 PM
Science, volcanoes, and the Galaxy community...what more could you ask for? 🌋🇫
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...
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Dans cet article qui vient de sortir dans NOV'AE, nous avons voulu répondre à la question "Le verre réutilisable au labo a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ?", en utilisant une approche d'Analyse de Cycle de Vie. Avec M. de Paepe
revue-novae.fr/article/view...
revue-novae.fr/article/view...
Le verre réutilisable au laboratoire a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ? Analyse avec l’outil EcoLabWare
| NOV'AE - Ingénierie et savoir-faire innovant...
revue-novae.fr
October 15, 2025 at 5:07 PM
Dans cet article qui vient de sortir dans NOV'AE, nous avons voulu répondre à la question "Le verre réutilisable au labo a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ?", en utilisant une approche d'Analyse de Cycle de Vie. Avec M. de Paepe
revue-novae.fr/article/view...
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📍Pour en savoir plus sur les stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir > consulter le programme du séminaire RARe 2025 avec les résumés et la présentation des intervenants.
Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org
Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org
Le prochain séminaire scientifique de RARe aura lieu les 30 septembre et 1er octobre 2025, à Montpellier et en visioconférence sur le théme : "Stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir". En savoir plus : www.agrobrc-rare.org
September 18, 2025 at 1:03 PM
📍Pour en savoir plus sur les stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir > consulter le programme du séminaire RARe 2025 avec les résumés et la présentation des intervenants.
Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org
Participation en visioconférence sur inscription 👉 www.agrobrc-rare.org
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✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.
📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.
🗓️ Date limite : 01/10/2025
En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.
🗓️ Date limite : 01/10/2025
En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
Appel à candidature pour le Comité d'expertise scientifique des presses de l'Université
La diffusion des connaissances est au cœur des missions de notre université pour le développement de la recherche. Résolument engagée dans la science ouverte, l'Université Paris-Saclay a fait du libre...
www.universite-paris-saclay.fr
September 10, 2025 at 9:09 AM
✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.
📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.
🗓️ Date limite : 01/10/2025
En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.
🗓️ Date limite : 01/10/2025
En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
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New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...
lh3.github.io/2025/09/11/a...
September 12, 2025 at 3:26 AM
New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...
lh3.github.io/2025/09/11/a...
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New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪
September 10, 2025 at 12:58 PM
New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪
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🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!
September 8, 2025 at 8:07 AM
🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!
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One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.
At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.
github.com/IndexThePlan...
At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.
github.com/IndexThePlan...
September 3, 2025 at 8:39 AM
One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.
At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.
github.com/IndexThePlan...
At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.
github.com/IndexThePlan...