Valentin Loux
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Valentin Loux
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bearstech.com
Bearstech @bearstech.com · 8d
Campagne de dons 2026 de Framasoft, un objectif de 250 000 € pour soutenir l'usage numérique éthique de 2 millions de bénéficiaires.

❤️ Pour soutenir l'association 👉 soutenir.framasoft.o...
Soutenez notre campagne 2026 ! Framasoft maintient et fournit de nombreux services en ligne (Framadate, Framapad, Framaspace, etc). Ces services, ainsi que toutes nos actions s'ancrent dans notre mission : permettre l'existence d'un numérique robuste et émancipateur, pensé pour les humains et les humaines. Un tout nouveau Framadate, PeerTube en version 8, des améliorations pour Framaspace… nous vous avons préparé plein de surprises pour cette fin d'année ! Nous ne nous arrêterons pas en si beau chemin pour autant, pour 2026, nous souhaitons améliorer les services existants et en proposer de nouveaux ! Notre petite association existe grâce à la solidarité de nombreuses personnes. Vos dons1 permettent à plus de 2 millions de personnes d'accéder gratuitement à un numérique respectueux ! 1 Framasoft est reconnue d'intérêt général : chaque don est déductible à 66% pour les contribuables résidant en France.

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jobim2026.bsky.social
JOBIM 2026 @jobim2026.bsky.social · 8d
🎉 À VOS AGENDAS !
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France

JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !

JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 16d
Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...

La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.

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camillemrcht.bsky.social
Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 16d
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal
Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the
bioengineer.org

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · 20d
"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent"
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"

danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...
“Il est probable que l’empreinte environnementale de l’IA soit aujourd’hui la plus faible jamais atteinte”
Alors que l’IA s’intègre peu à peu partout dans nos vies, les ressources énergétiques nécessaires à cette révolution sont colossales. Les ...
danslesalgorithmes.net

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afp.com
Agence France-Presse @afp.com · 20d
⚫ Le prix Nobel américain James Watson, qui révolutionné la science en découvrant la structure de l'ADN avec son collègue Francis Crick, est décédé à l'âge de 97 ans, a annoncé vendredi le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), avec lequel il a travaillé ⬇️

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ifb-elixir-fr.bsky.social
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 21d
🚀👩‍💻🧑‍💻 End of this week of #BioHackEU25, organised by @elixir-europe.org , to advance all projects in synergy! Thank you to the IFB/ELIXIR-FR team (on-site and remotely), and to our colleagues at @genouest.bsky.social 👏

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inrae-migale.bsky.social
INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 24d
@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏

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acupoftim.bsky.social
Tim @acupoftim.bsky.social · 24d
✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !
Les Crayons Solidaires, un événement au profit des Restos du Cœur. Mercredi 3 décembre de 18h à 22h. Ground Control, 81 Rue du Charolais, 75012 Paris. 20 Artistes présent.es : Boulet, Marielle Durand, Singeon, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Camille de Cussac, Alice Chemama, Karim Frihq, Hélène le Cam, Davy Mourier, Prims, Tim,Chloe Briggs, Pochep, Tristuss, Libon, Léah Touitou, Tido, Livio Fania, Matthias Bourdelier, Capucine, Maud Chalmel, halres Berbérian, Mat Let. Originaux et tirages d’artistes partenaires à retrouver en boutique : Pénélope Bagieu, Camille de Cussac, Boulet, kek, Singeon, Tido, Benoit Guillaume, Pierre Amoudry, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Marielle Durand, Marc Boutavant, Jacques de Loustal

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ifb-elixir-fr.bsky.social
IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · 24d
📢👩‍💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques

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liberation.fr
Libération @liberation.fr · 28d
Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»

Il s’agit majoritairement d’hommes (dans 82 % des cas), mais aussi, et de plus en plus, de femmes (13 %) et d’enfants.
Plus de 900 sans-abri sont morts en 2024 : «Une augmentation exponentielle année après année»
www.liberation.fr

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · Oct 28
Les crises font se rendre compte de nos faiblesses et peuvent favoriser l'apparition de solutions. L'europe a un rôle certain (et urgent !) à jouer pour diminuer notre dépendance aux outils financés par les États-Unis.
cnrs.fr CNRS @cnrs.fr · Oct 28
Fragilisée par les incertitudes géopolitiques et le désengagement de certains partenaires, comme les États-Unis, la coopération scientifique internationale esquisse les contours d’une souveraineté scientifique nouvelle, à la fois ouverte et durable.
À l’heure d’une souveraineté scientifique partagée
Fondée sur des décennies de confiance et d’échanges, la coopération scientifique internationale se voit aujourd’hui fragilisée par les incertitudes géopolitiq
www.cnrs.fr

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bearstech.com
Bearstech @bearstech.com · Oct 28
La Python Software Foundation a retiré sa demande de financement de 1,5 million de dollars auprès de la NSF, bien que sa proposition ait été acceptée.

Cette décision a été motivée par une clause interdisant la promotion de la diversité, l’équité et l’inclusion.

👉 pyfound.blogspot.com...
“The PSF simply can’t agree to a statement that we won’t operate any programs that ‘advance or promote’ diversity, equity, and inclusion, as it would be a betrayal of our mission and our community.”

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cnrs.fr
CNRS @cnrs.fr · Oct 28
Fragilisée par les incertitudes géopolitiques et le désengagement de certains partenaires, comme les États-Unis, la coopération scientifique internationale esquisse les contours d’une souveraineté scientifique nouvelle, à la fois ouverte et durable.
À l’heure d’une souveraineté scientifique partagée
Fondée sur des décennies de confiance et d’échanges, la coopération scientifique internationale se voit aujourd’hui fragilisée par les incertitudes géopolitiq
www.cnrs.fr

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richardmleggett.bsky.social
Richard Leggett @richardmleggett.bsky.social · Oct 28
Our MARTi @nanoporetech.com paper is now out in @genomeresearch.bsky.social after several years of development (particularly Ned Peel and Sam Martin). We'd love to hear from users about how you're using it, or suggestions for new features. @earlhaminst.bsky.social

genome.cshlp.org/content/earl...
Real-time analysis and visualization of nanopore metagenomic samples with MARTi
An international, peer-reviewed genome sciences journal featuring outstanding original research that offers novel insights into the biology of all organisms
genome.cshlp.org

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plantevolution.bsky.social
PlantEvolution 🌱🌾 @plantevolution.bsky.social · Oct 27
1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!

Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...

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plosbiology.org
PLOS Biology @plosbiology.org · Oct 22
Science projects are designed & funded on the scale of years, so what happens if you need to finish prematurely? @mhagenauer.bsky.social &co discuss solutions for quickly documenting partially finished projects & publishing ‘as you go’ in an uncertain environment @plosbiology.org 🧪 plos.io/4ovd1jH
The image shows a person with a suitcase, striding confidently through a doorway towards the sunset... and an uncertain future! Image credit Unsplash user Mantas Hesthaven.

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galaxyproject.bsky.social
Galaxy Project @galaxyproject.bsky.social · Oct 20
Science, volcanoes, and the Galaxy community...what more could you ask for? 🌋🇫
In case you missed it! The Galaxy Community Conference (#GCC2026) lands in Clermont-Ferrand, France, June 22–24, 2026! CoFest follows from June 25–26.
Learn more and sign up for emails:
galaxyproject.org/events/gcc20...
2026 Galaxy Community Conference (GCC2026)
The annual gathering of the Galaxy Community with opportunities to hear latest developments, get training, and meet everyone involved.
galaxyproject.org

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sophieschbath.bsky.social
Sophie Schbath @sophieschbath.bsky.social · Oct 15
Dans cet article qui vient de sortir dans NOV'AE, nous avons voulu répondre à la question "Le verre réutilisable au labo a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ?", en utilisant une approche d'Analyse de Cycle de Vie. Avec M. de Paepe
revue-novae.fr/article/view...
Le verre réutilisable au laboratoire a-t-il un impact environnemental moindre que le plastique à usage unique ? Analyse avec l’outil EcoLabWare | NOV'AE - Ingénierie et savoir-faire innovant...
revue-novae.fr

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rrwick.bsky.social
Ryan Wick @rrwick.bsky.social · Sep 29
Happy to share that the paper describing Autocycler is now 100% up:
doi.org/10.1093/bioi...
(1/3)
Autocycler: long-read consensus assembly for bacterial genomes
AbstractMotivation. Long-read sequencing enables complete bacterial genome assemblies, but individual assemblers are imperfect and often produce sequence-l
doi.org

Reposted by Simon Roux, Valentin Loux

Heng Li @lh3lh3.bsky.social · Sep 12
New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...

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stephenturner.us
Stephen Turner @stephenturner.us · Sep 10
New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪

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so-upsaclay.bsky.social
Science Ouverte UPSaclay @so-upsaclay.bsky.social · Sep 10
✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.

📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.

🗓️ Date limite : 01/10/2025

En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
Appel à candidature pour le Comité d'expertise scientifique des presses de l'Université
La diffusion des connaissances est au cœur des missions de notre université pour le développement de la recherche. Résolument engagée dans la science ouverte, l'Université Paris-Saclay a fait du libre...
www.universite-paris-saclay.fr

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fr-genomics.bsky.social
France Génomique @fr-genomics.bsky.social · Sep 8
🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!

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rayanchikhi.bsky.social
Rayan Chikhi @rayanchikhi.bsky.social · Sep 3
One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.

At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.

github.com/IndexThePlan...

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 22
magnifique ! Ça donne envie

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 9
c’est pas mal. bien équilibré. je vais essayer d’en rapporter une bouteille

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 9
Dégustation de boissons fermentées en Pologne. Classique Komboucha et plus local buza (boulgour, raisin). Les deux produits localement. #fermentsdufutur

vloux.bsky.social
Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 3
Bravo à @auschwitzmemorial.bsky.social de faire vivre ce lieu de mémoire, si iomportant à visiter pour lutter contre la répétition des horreurs de l’histoire.

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Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 3
Visite du mémorial d’Auschwitz-Birkenau. Un moment d’émotions et de recueillement mémoriel vécu en famille, accompagné par une guide d’une exceptionnelle justesse.