まぁその辺はまた考えましょう。Lボタンの機能をちょっと変更すれば色々できるようになるかな。

こっちで制御できないならもうプレイヤーに「頼むから使わんといて」ってお願いするしかないんだよな。
今の所は恐らく大丈夫だと思うけど、いつ何が発生するか予測もできない。

無駄なタイルはなるべく置かずにツクってると、容量が節約できてるのを実感する。
94x54とそこそこ広めのマップでも、容量16～7くらいしか使ってないみたいだし。

基本的に数字の大きいレイヤーの通行判定が適用されるので、レイヤー4は通行判定を切り替える用途で使う事が多いですね。影ペンがかからないので、床や壁のヒビ割れ、通行×の透明タイル、外壁やマップ端の黒い部分なんかを担ってます。

わかります、それめっちゃやります。外周のレイヤ4（移動させたくない地点）に移動不可の透明マスを配置したりしていつも調整してますね。

通常、壁は歩けないんですが、手すりの通行条件を満たしてしまうので、両サイド歩けるようになっちゃうんですよね。
これの防止のために、壁の端の深いレイヤーに通行不可のなにかを置かなきゃいけなくなる。忘れると変な事に。

フロー制御の「覚えている」については、覚えてるって言うより「使えるかどうか」しか見られていないのでそうなりますね。道具の所持数とかと似たようなもんだと考えると分かりやすいです。
スキルAを覚えていない（所持数0）
スキルAを装備で覚えた（所持数0+1）
スキルAを習得し、更に装備で覚えた（所持数1+1）
上記の状態で装備を外した（所持数1+0）
こんな感じで。

ああ、なるほど。これ通行判定とかも結構やりがちなんですが、別のレイヤーで上からなにか被せていても基本的にはその辺の判定は全部通りますね。
例えばですが、手すり（オートタイルではなく、BCDEに設定可能な内装Cにあるようなやつ）とかに「左側にだけ移動できなくする」設定を入れて壁際に置いたりすると、手すりタイルがある部分だけ壁を貫通して上下移動できるようになってしまったりとかもしますし。

「ここが魔王ダメージ床城だったのか…！　感じるぞ、魔王のダメージを…！」
「さあこいヤマトォォ！」
「ウオオオオオ！！」