Neurodata.tokyo
@neurodata.tokyo
Accelerate Your Science with Technology. 「技術で科学を加速する」 バイオ系データサイエンティスト・リサーチアシスタントエンジニア
neurodata.tokyo
neurodata.tokyo
これでポスターや論文のFigure作りのツールに悩まなくて済む！😍
クリエイター向けツール『Affinity』が完全無料化。『Designer』『Photo』『Publisher』3つのソフトが統合され1本へ。今後のアプデもずっと無料 | ゲーム・エンタメ最新情報のファミ通.com www.famitsu.com/article/2025...
クリエイター向けツール『Affinity』が完全無料化。『Designer』『Photo』『Publisher』3つのソフトが統合され1本へ。今後のアプデもずっと無料 | ゲーム・エンタメ最新情報のファミ通.com www.famitsu.com/article/2025...
クリエイター向けツール『Affinity』が完全無料化。『Designer』『Photo』『Publisher』3つのソフトが統合され1本へ。今後のアプデもずっと無料 | ゲーム・エンタメ最新情報のファミ通.com
デザイン・写真編集・レイアウトが1本に統合。Canva参加Serifが開発する『Affinity』が完全無料化。旧『Designer』『Photo』『Publisher』を継承し、今後のアップデートも無料。
www.famitsu.com
November 5, 2025 at 8:33 AM
これでポスターや論文のFigure作りのツールに悩まなくて済む！😍
クリエイター向けツール『Affinity』が完全無料化。『Designer』『Photo』『Publisher』3つのソフトが統合され1本へ。今後のアプデもずっと無料 | ゲーム・エンタメ最新情報のファミ通.com www.famitsu.com/article/2025...
クリエイター向けツール『Affinity』が完全無料化。『Designer』『Photo』『Publisher』3つのソフトが統合され1本へ。今後のアプデもずっと無料 | ゲーム・エンタメ最新情報のファミ通.com www.famitsu.com/article/2025...
“Google for DNA” brings order to biology’s big data: ETH Zurich’s MetaGraph compresses and indexes DNA/RNA/proteins, enabling Google-like search.
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data
MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.
www.nature.com
October 11, 2025 at 12:06 AM
“Google for DNA” brings order to biology’s big data: ETH Zurich’s MetaGraph compresses and indexes DNA/RNA/proteins, enabling Google-like search.
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
プログラミング技術で科学の発展を促進しようという試み、大注目です🤩
「Julia x OSS で科学の未来をもっと早く！プログラム開発の効率化で科学の発展を加速する」
academist-cf.com/projects/394...
「Julia x OSS で科学の未来をもっと早く！プログラム開発の効率化で科学の発展を加速する」
academist-cf.com/projects/394...
プログラム開発の効率化で科学の発展を加速する！ | academist (アカデミスト)
研究者と個人を支援でつなぐ学術系クラウドファンディングサイトです。多様な分野の研究者が自身の研究を進めるためチャレンジしています。
academist-cf.com
September 2, 2025 at 11:57 PM
プログラミング技術で科学の発展を促進しようという試み、大注目です🤩
「Julia x OSS で科学の未来をもっと早く！プログラム開発の効率化で科学の発展を加速する」
academist-cf.com/projects/394...
「Julia x OSS で科学の未来をもっと早く！プログラム開発の効率化で科学の発展を加速する」
academist-cf.com/projects/394...
As a hobby side project, I've built browser-based music practice tools🎹🎧
It includes an ear trainer, guitar chord finder, YouTube video looper & speed changer — all things I personally wanted to use. It’s totally free and open to everyone—give it a try!
👉 music-tools.neurodata.tokyo
It includes an ear trainer, guitar chord finder, YouTube video looper & speed changer — all things I personally wanted to use. It’s totally free and open to everyone—give it a try!
👉 music-tools.neurodata.tokyo
August 1, 2025 at 2:35 PM
As a hobby side project, I've built browser-based music practice tools🎹🎧
It includes an ear trainer, guitar chord finder, YouTube video looper & speed changer — all things I personally wanted to use. It’s totally free and open to everyone—give it a try!
👉 music-tools.neurodata.tokyo
It includes an ear trainer, guitar chord finder, YouTube video looper & speed changer — all things I personally wanted to use. It’s totally free and open to everyone—give it a try!
👉 music-tools.neurodata.tokyo
作成ツールのご紹介その5：グラフの読み方＋コード事例集
論文でよく見るあの図、何て名前？どうやって解釈するの？どうやって作るの？使いどころは？そんな疑問に答えるための、グラフの見た目からの可視化手法逆引き辞典です（PythonとRのサンプルコード付）。順次更新予定。
ronsapo.neurodata.tokyo/graph-examples
論文でよく見るあの図、何て名前？どうやって解釈するの？どうやって作るの？使いどころは？そんな疑問に答えるための、グラフの見た目からの可視化手法逆引き辞典です（PythonとRのサンプルコード付）。順次更新予定。
ronsapo.neurodata.tokyo/graph-examples
July 31, 2025 at 1:26 PM
作成ツールのご紹介その5：グラフの読み方＋コード事例集
論文でよく見るあの図、何て名前？どうやって解釈するの？どうやって作るの？使いどころは？そんな疑問に答えるための、グラフの見た目からの可視化手法逆引き辞典です（PythonとRのサンプルコード付）。順次更新予定。
ronsapo.neurodata.tokyo/graph-examples
論文でよく見るあの図、何て名前？どうやって解釈するの？どうやって作るの？使いどころは？そんな疑問に答えるための、グラフの見た目からの可視化手法逆引き辞典です（PythonとRのサンプルコード付）。順次更新予定。
ronsapo.neurodata.tokyo/graph-examples
作成ツールのご紹介その4：日程調整
説明不要ですね。会議なり飲み会なり趣味の会合なり、お好きなイベントの日程調整にご活用ください。
ツールの利用はこちらから： ronsapo.neurodata.tokyo/schedule/cre...
説明不要ですね。会議なり飲み会なり趣味の会合なり、お好きなイベントの日程調整にご活用ください。
ツールの利用はこちらから： ronsapo.neurodata.tokyo/schedule/cre...
July 31, 2025 at 1:25 PM
作成ツールのご紹介その4：日程調整
説明不要ですね。会議なり飲み会なり趣味の会合なり、お好きなイベントの日程調整にご活用ください。
ツールの利用はこちらから： ronsapo.neurodata.tokyo/schedule/cre...
説明不要ですね。会議なり飲み会なり趣味の会合なり、お好きなイベントの日程調整にご活用ください。
ツールの利用はこちらから： ronsapo.neurodata.tokyo/schedule/cre...
作成ツールのご紹介その3：PDFマージ・分割
PDFから不要なページを除いたり、二つのファイルを結合したい時ってありますよね。今、目の前の1ファイルを処理したいだけなのに高い有料ソフトを払うのは勿体ない……そんなときにご活用頂けるかと思います！
PDFから不要なページを除いたり、二つのファイルを結合したい時ってありますよね。今、目の前の1ファイルを処理したいだけなのに高い有料ソフトを払うのは勿体ない……そんなときにご活用頂けるかと思います！
July 31, 2025 at 1:24 PM
作成ツールのご紹介その3：PDFマージ・分割
PDFから不要なページを除いたり、二つのファイルを結合したい時ってありますよね。今、目の前の1ファイルを処理したいだけなのに高い有料ソフトを払うのは勿体ない……そんなときにご活用頂けるかと思います！
PDFから不要なページを除いたり、二つのファイルを結合したい時ってありますよね。今、目の前の1ファイルを処理したいだけなのに高い有料ソフトを払うのは勿体ない……そんなときにご活用頂けるかと思います！
作成ツールのご紹介その2：PDFテキスト整形
PDFからコピペした文章には不自然な改行や余計なハイフンが入りがちです。本ツールはそういった無駄な要素を削除し、綺麗に整った文章へと整形します。読書メモや機械翻訳を行う際のちょっとしたストレスをなくしてくれる地味だけど助かるツールです！
PDFからコピペした文章には不自然な改行や余計なハイフンが入りがちです。本ツールはそういった無駄な要素を削除し、綺麗に整った文章へと整形します。読書メモや機械翻訳を行う際のちょっとしたストレスをなくしてくれる地味だけど助かるツールです！
July 31, 2025 at 1:13 PM
作成ツールのご紹介その2：PDFテキスト整形
PDFからコピペした文章には不自然な改行や余計なハイフンが入りがちです。本ツールはそういった無駄な要素を削除し、綺麗に整った文章へと整形します。読書メモや機械翻訳を行う際のちょっとしたストレスをなくしてくれる地味だけど助かるツールです！
PDFからコピペした文章には不自然な改行や余計なハイフンが入りがちです。本ツールはそういった無駄な要素を削除し、綺麗に整った文章へと整形します。読書メモや機械翻訳を行う際のちょっとしたストレスをなくしてくれる地味だけど助かるツールです！
【RStudioユーザー必見】Positronの導入・使い方を徹底解説｜わたヤク
note.com/ai_biostat/n...
note.com/ai_biostat/n...
【RStudioユーザー必見】Positronの導入・使い方を徹底解説｜わたヤク
はじめに 今回ご紹介する『Positron』は、業務や研究でデータ分析する方にとって第一選択となりうる次世代の統合開発環境（IDE）です。 特に、RStudioユーザーは一度は触っておくべき。 なぜなら、RStudioの後継機として機能の充実をしっかり果たしつつ、無料で強力なAI機能が使えるようになったからです。 RStudioユーザーは全員後継機であるPositron使った方が良い。G...
note.com
July 21, 2025 at 9:47 PM
【RStudioユーザー必見】Positronの導入・使い方を徹底解説｜わたヤク
note.com/ai_biostat/n...
note.com/ai_biostat/n...
作成ツールのご紹介その1：文字数カウント
類似ツールは世の中にいくらでもありますが、「データ、保存されてない？」「未発表の内容を入力して大丈夫？」と不安になることもありますよね。
私たちのツールは、入力情報を一切保存・再利用しないことを最重要の設計方針としています。
類似ツールは世の中にいくらでもありますが、「データ、保存されてない？」「未発表の内容を入力して大丈夫？」と不安になることもありますよね。
私たちのツールは、入力情報を一切保存・再利用しないことを最重要の設計方針としています。
May 31, 2025 at 4:36 AM
作成ツールのご紹介その1：文字数カウント
類似ツールは世の中にいくらでもありますが、「データ、保存されてない？」「未発表の内容を入力して大丈夫？」と不安になることもありますよね。
私たちのツールは、入力情報を一切保存・再利用しないことを最重要の設計方針としています。
類似ツールは世の中にいくらでもありますが、「データ、保存されてない？」「未発表の内容を入力して大丈夫？」と不安になることもありますよね。
私たちのツールは、入力情報を一切保存・再利用しないことを最重要の設計方針としています。
研究活動支援ツール「Ronsapo」を作成しました！PDF編集や文字カウントのような「何かと便利なちょっとしたツール」から、英文校正や論文要約のような「AI技術を用いた最新支援ツール」まで揃えています。運用費がかかるのでAI機能だけは有料とさせていただいていますが、それ無しでもみなさんの研究活動のお手伝いが十分にできるのではと思います。どうぞご活用くださいませ！
ronsapo.neurodata.tokyo
ronsapo.neurodata.tokyo
Ronsapo - 論文執筆支援ツール
ronsapo.neurodata.tokyo
May 24, 2025 at 5:35 AM
研究活動支援ツール「Ronsapo」を作成しました！PDF編集や文字カウントのような「何かと便利なちょっとしたツール」から、英文校正や論文要約のような「AI技術を用いた最新支援ツール」まで揃えています。運用費がかかるのでAI機能だけは有料とさせていただいていますが、それ無しでもみなさんの研究活動のお手伝いが十分にできるのではと思います。どうぞご活用くださいませ！
ronsapo.neurodata.tokyo
ronsapo.neurodata.tokyo
- Google has announced the "AI co-scientist," a multi-agent AI system based on Gemini 2.0
- It integrates vast scientific literature to generate new hypotheses, outline research overviews, and propose experimental methods
research.google/blog/acceler...
- It integrates vast scientific literature to generate new hypotheses, outline research overviews, and propose experimental methods
research.google/blog/acceler...
Accelerating scientific breakthroughs with an AI co-scientist
research.google
February 20, 2025 at 2:20 PM
- Google has announced the "AI co-scientist," a multi-agent AI system based on Gemini 2.0
- It integrates vast scientific literature to generate new hypotheses, outline research overviews, and propose experimental methods
research.google/blog/acceler...
- It integrates vast scientific literature to generate new hypotheses, outline research overviews, and propose experimental methods
research.google/blog/acceler...
- GoogleがGemini 2.0を基盤としたマルチエージェントAIシステム「AI co-scientist」を発表
- 膨大な科学文献を解析し、新たな仮説の生成、研究概要作成、実験手法の提案までをサポート
research.google/blog/acceler...
- 膨大な科学文献を解析し、新たな仮説の生成、研究概要作成、実験手法の提案までをサポート
research.google/blog/acceler...
Accelerating scientific breakthroughs with an AI co-scientist
research.google
February 20, 2025 at 2:19 PM
- GoogleがGemini 2.0を基盤としたマルチエージェントAIシステム「AI co-scientist」を発表
- 膨大な科学文献を解析し、新たな仮説の生成、研究概要作成、実験手法の提案までをサポート
research.google/blog/acceler...
- 膨大な科学文献を解析し、新たな仮説の生成、研究概要作成、実験手法の提案までをサポート
research.google/blog/acceler...
LLMが分子生物学やバイオインフォマティクスでどう活用されうるかを議論した記事
ai-scholar.tech/articles/lar...
ai-scholar.tech/articles/lar...
DNA解析から遺伝子発現予測、大規模言語モデルによる生物情報学への応用
3つの要点✔️ DNA解析やゲノム機能の理解を高めるゲノムの複雑な特性を予測する能力を示唆✔️ DNAの変異効果をゲノム全体にわたって正確に予測することで、遺伝学研究の新たな可能性を示唆✔️ エンハンサーやプロモーターなどの重要な調節配列を正確に特定し、遺伝子の発現調節研究に貢献Large language models in bioinformatics: applications and pe...
ai-scholar.tech
January 28, 2025 at 4:18 AM
LLMが分子生物学やバイオインフォマティクスでどう活用されうるかを議論した記事
ai-scholar.tech/articles/lar...
ai-scholar.tech/articles/lar...
Thank you for the wonderful connections and support in 2024. Since starting our challenge in April, we’ve had the opportunity to work on many projects and grow each day. In 2025, we look forward to new challenges and continued growth. Happy New Year!
December 27, 2024 at 6:28 AM
Thank you for the wonderful connections and support in 2024. Since starting our challenge in April, we’ve had the opportunity to work on many projects and grow each day. In 2025, we look forward to new challenges and continued growth. Happy New Year!
2024年も多くのご縁をいただき、みなさまに心より感謝申し上げます。4月からスタートしたこの取り組みも、おかげさまで多くの支援を手掛けることができ、充実した日々を過ごすことができました。皆様に支えられ、日々成長を実感できたことに感謝の気持ちでいっぱいです。
来年はこれまでの経験を活かしながら、さらに新しい挑戦にも取り組んでまいりたいと考えております。2025年もどうぞよろしくお願いします！
来年はこれまでの経験を活かしながら、さらに新しい挑戦にも取り組んでまいりたいと考えております。2025年もどうぞよろしくお願いします！
December 27, 2024 at 6:27 AM
2024年も多くのご縁をいただき、みなさまに心より感謝申し上げます。4月からスタートしたこの取り組みも、おかげさまで多くの支援を手掛けることができ、充実した日々を過ごすことができました。皆様に支えられ、日々成長を実感できたことに感謝の気持ちでいっぱいです。
来年はこれまでの経験を活かしながら、さらに新しい挑戦にも取り組んでまいりたいと考えております。2025年もどうぞよろしくお願いします！
来年はこれまでの経験を活かしながら、さらに新しい挑戦にも取り組んでまいりたいと考えております。2025年もどうぞよろしくお願いします！
Reposted by Neurodata.tokyo
Here's my approach: start with the GPTs below for a summary, do some Q&A with the GPTs, then dive into a close read. It greatly speeds up understanding, but the flood of new papers keeps growing—human capacity is near its limit. 🫠
chatgpt.com/g/g-8rviAV5V...
chatgpt.com/g/g-8rviAV5V...
ChatGPT - Paper Reader
Distills academic papers from a PDF or URL into summaries and answers questions
chatgpt.com
December 23, 2024 at 6:33 AM
Here's my approach: start with the GPTs below for a summary, do some Q&A with the GPTs, then dive into a close read. It greatly speeds up understanding, but the flood of new papers keeps growing—human capacity is near its limit. 🫠
chatgpt.com/g/g-8rviAV5V...
chatgpt.com/g/g-8rviAV5V...
OpenScholar: AI for scientific paper research
- Finds papers & summarizes content for user queries
- Trained on 45M+ Semantic Scholar papers
- 8B parameters
GitHub: github.com/AkariAsai/Op...
- Finds papers & summarizes content for user queries
- Trained on 45M+ Semantic Scholar papers
- 8B parameters
GitHub: github.com/AkariAsai/Op...
GitHub - AkariAsai/OpenScholar: This repository includes the official implementation of OpenScholar: Synthesizing Scientific Literature with Retrieval-augmented LMs.
This repository includes the official implementation of OpenScholar: Synthesizing Scientific Literature with Retrieval-augmented LMs. - GitHub - AkariAsai/OpenScholar: This repository includes the...
github.com
November 24, 2024 at 5:17 AM
OpenScholar: AI for scientific paper research
- Finds papers & summarizes content for user queries
- Trained on 45M+ Semantic Scholar papers
- 8B parameters
GitHub: github.com/AkariAsai/Op...
- Finds papers & summarizes content for user queries
- Trained on 45M+ Semantic Scholar papers
- 8B parameters
GitHub: github.com/AkariAsai/Op...
科学論文の調査に特化したAIモデル「OpenScholar」
- ユーザーのクエリに応じて論文を見つけ、その内容に基づいた回答を生成
- Semantic Scholarに含まれる4500万件以上の論文と、対応する文章の組み合わせからなるデータセットを用いて訓練
- パラメータ数はわずか80億
gigazine.net/news/2024112...
- ユーザーのクエリに応じて論文を見つけ、その内容に基づいた回答を生成
- Semantic Scholarに含まれる4500万件以上の論文と、対応する文章の組み合わせからなるデータセットを用いて訓練
- パラメータ数はわずか80億
gigazine.net/news/2024112...
科学論文の調査に特化したAIモデル「OpenScholar」がベンチマークでGPT-4oを上回る、科学研究の大幅な効率化に期待
近年は生命分子の構造と相互作用を予測するAIモデル「AlphaFold 3」がリリースされたり、「ChatGPTのおかげで論文を読む手間が99％減った」と研究者が報告したりするなど、科学研究におけるAIの活用はますます重要なものになっています。新たに、ワシントン大学とアレン人工知能研究所の研究チームが、科学文献の調査に特化したAIモデル「OpenScholar」をリリースしました。
gigazine.net
November 24, 2024 at 5:13 AM
科学論文の調査に特化したAIモデル「OpenScholar」
- ユーザーのクエリに応じて論文を見つけ、その内容に基づいた回答を生成
- Semantic Scholarに含まれる4500万件以上の論文と、対応する文章の組み合わせからなるデータセットを用いて訓練
- パラメータ数はわずか80億
gigazine.net/news/2024112...
- ユーザーのクエリに応じて論文を見つけ、その内容に基づいた回答を生成
- Semantic Scholarに含まれる4500万件以上の論文と、対応する文章の組み合わせからなるデータセットを用いて訓練
- パラメータ数はわずか80億
gigazine.net/news/2024112...
Reposted by Neurodata.tokyo
Interesting. LLMs exhibit modular structures, such as math/code lobes, resembling functional areas in the neocortex.
Just as cortical arealization occurs during development, could insights from developmental neuroscience refine AI architectures? 🧠🤖
arxiv.org/abs/2410.19750
Just as cortical arealization occurs during development, could insights from developmental neuroscience refine AI architectures? 🧠🤖
arxiv.org/abs/2410.19750
The Geometry of Concepts: Sparse Autoencoder Feature Structure
Sparse autoencoders have recently produced dictionaries of high-dimensional vectors corresponding to the universe of concepts represented by large language models. We find that this concept universe h...
arxiv.org
November 18, 2024 at 12:45 AM
Interesting. LLMs exhibit modular structures, such as math/code lobes, resembling functional areas in the neocortex.
Just as cortical arealization occurs during development, could insights from developmental neuroscience refine AI architectures? 🧠🤖
arxiv.org/abs/2410.19750
Just as cortical arealization occurs during development, could insights from developmental neuroscience refine AI architectures? 🧠🤖
arxiv.org/abs/2410.19750
We have released the MRI image (.nii) ⇔ PNG/TIFF conversion package on PyPI! 🎉 You can easily install it with pip install nifti-converter. (Although not mentioned in the README, it can also be easily used as a Python library.)
pypi.org/project/nift...
pypi.org/project/nift...
nifti-converter
Convert NIfTI files to usual image formats
pypi.org
October 25, 2024 at 12:41 PM
We have released the MRI image (.nii) ⇔ PNG/TIFF conversion package on PyPI! 🎉 You can easily install it with pip install nifti-converter. (Although not mentioned in the README, it can also be easily used as a Python library.)
pypi.org/project/nift...
pypi.org/project/nift...
私たちが作成したMRI画像 (.nii) ⇔ PNG/TIFF 変換パッケージがPyPIに登録されました🎉 pip install nifti-converter で簡単にインストール可能です！
（READMEには記載できていませんが、Pythonライブラリとしても簡単に呼び出せるかと思います）
pypi.org/project/nift...
（READMEには記載できていませんが、Pythonライブラリとしても簡単に呼び出せるかと思います）
pypi.org/project/nift...
nifti-converter
Convert NIfTI files to usual image formats
pypi.org
October 25, 2024 at 12:39 PM
私たちが作成したMRI画像 (.nii) ⇔ PNG/TIFF 変換パッケージがPyPIに登録されました🎉 pip install nifti-converter で簡単にインストール可能です！
（READMEには記載できていませんが、Pythonライブラリとしても簡単に呼び出せるかと思います）
pypi.org/project/nift...
（READMEには記載できていませんが、Pythonライブラリとしても簡単に呼び出せるかと思います）
pypi.org/project/nift...
🚀 We just released a Python package that converts NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa.🧠
Simplify your neuroimaging analysis and visualization workflows! github.com/neurodata-to...
Simplify your neuroimaging analysis and visualization workflows! github.com/neurodata-to...
GitHub - neurodata-tokyo/nifti-converter: A Python package for converting NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa. Simplifies workflows in neuroimaging a...
A Python package for converting NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa. Simplifies workflows in neuroimaging analysis and visualization. - GitHub - ...
github.com
October 15, 2024 at 12:35 PM
🚀 We just released a Python package that converts NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa.🧠
Simplify your neuroimaging analysis and visualization workflows! github.com/neurodata-to...
Simplify your neuroimaging analysis and visualization workflows! github.com/neurodata-to...
MRI画像のハンドリングを簡便化するPythonパッケージを公開しました！NIfTI形式の画像 (.nii) をTIFFやPNGの連続画像に簡単に変換（またその逆変換）するためのツールです🧠
詳しくはGitHubをご覧ください github.com/neurodata-to...
詳しくはGitHubをご覧ください github.com/neurodata-to...
GitHub - neurodata-tokyo/nifti-converter: A Python package for converting NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa. Simplifies workflows in neuroimaging a...
A Python package for converting NIfTI neuroimaging data (.nii) to sequential image formats (.tiff/.png) and vice versa. Simplifies workflows in neuroimaging analysis and visualization. - GitHub - ...
github.com
October 15, 2024 at 12:32 PM
MRI画像のハンドリングを簡便化するPythonパッケージを公開しました！NIfTI形式の画像 (.nii) をTIFFやPNGの連続画像に簡単に変換（またその逆変換）するためのツールです🧠
詳しくはGitHubをご覧ください github.com/neurodata-to...
詳しくはGitHubをご覧ください github.com/neurodata-to...