Podcastで、ジーンフロンティアの金森さんにインタビューさせていただきました。

PUREfrex の特徴、使い方、AI時代への展望のほか、翻訳効率を上げる配列設計、Triton-X 114 を使った精製、市販の特級試薬に残存の金属などなど、技術の裏側や実験 tips の数々を教えていただきました！

Ep 22: [Interview] Takashi Kanamori (GeneFrontier. Corp.) “The Making of PURE” を公開しました。
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ジーンフロンティア（株）の金森崇さんに、無細胞翻訳系 PUREfrex 開発の裏側、タンパク質合成のさまざまな tips、AI時代への展望などについて伺いました。

#分子デザインはじめました podcast の新しいエピソードをリリースしました。
今年もたくさんの方に聴いていただき、ありがとうございました！よいお年をお迎えください。

Ep 20-1 は、@yasuokamoto.bsky.social @matsubayashi-e.bsky.social から、酵素デザインの新手法やHuman interactomeの大規模予測などについて紹介しています。

Ep 20-2 は、https://x.com/akg_entrance から、BoltzGen、Protein Hunterの紹介と簡単なチュートリアルを動画で紹介しています。

Ep 20: [Journal] BoltzGen, ProteinHunter, CATNIP, De novo metathase, RF2-PPI を公開しました。
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今回は、フラッシュ論文紹介です。
岡本 @yasuokamoto.bsky.social 本田 x.com/akg_entrance 松林 @matsubayashi-e.bsky.socialで、最新のタンパク質デザインモデルなどについて議論しました。

今回の podcast も、BoltzGen の atom14 の概念、Protein Hunter での誤差逆伝播法による最適化、機械学習による化学空間とタンパク質配列空間の接続など、大変勉強させていただきました！

Ep 18: [Interview] Arisa Uchida (Univ. Tokyo) "Fortune favors the bold." を公開しました！
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東大４年の内田有咲さんに、教育学部から機械学習x生物に興味を持って理転したキャリア、IPD Summer Project への参加、留学 tips、行動力で道を拓くmindset などを伺いました。

Ep 19: [Interview] Shunsuke Tagami (RIKEN) “Connecting the dots” を公開しました。
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理研IMSの田上俊輔さんに、RNA polymeraseの構造解析からorigin of life への展開、理研での独立に至るキャリア、タンパク質構造予測や設計における今後の展望などについて伺いました。

Rare microbial relict sheds light on an ancient eukaryotic supergroup

"a novel type of predatory extrusome"
"Sun-like cells actively feed on bacteria, catching prey with stalked extrusomes"
"the mitochondrially encoded secA gene"
www.researchsquare.com/article/rs-5...
www.nature.com/articles/s41...

Ep 17: Moonlighting Protein を公開しました！
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学会、ビザ更新、メンタリング、ChemDraw、Boltz on Chimera などについて雑談し、岡本の最新論文、多機能サイトカインで合成多核触媒構造を構築し、触媒活性をデザインした仕事について議論しました。

We also give examples of imaging and functionalization to study actin-related processes.

We detail the equipment and protocol for microwell manufacture, as well as characterization and quality control.

We have used many microwells to confine biochemical reactions in our recent studies. We wanted to share the protocol for preparing and characterizing microwells; this protocol is now published here : www.frontiersin.org/journals/cel...

@manuelthery.bsky.social @lblanchoin.bsky.social

Ep16: [Interview] Yusuke Nasu (Academia Sinica) "The grass is (not) always greener on the other side" を公開しました！
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Academia Sinicaの那須 雄介さん @NasuLab_IBC をゲストに迎え、企業からアカデミアに移られたキャリア、蛍光タンパク質センサーの開発、海外PIとしてのジョブハントやラボ運営について伺いました。

Unique opportunity to join the CytoMorpho Lab (in Paris ❤️) as a postdoc to work on the self-organization and polarization of reconstituted networks made of microtubules, motors and actin filaments in vitro. Experience required.
Please Repost 🙏 thanks !