FOCUS PLATEFORME : transcriptomique à grande échelle et à moindre coût ? une offre développée par POPS au service de l’agroécologie
L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. Cet institut héberge quatre plateformes (En savoir plus ?) regroupant ainsi différentes installations et différents savoir-faire dédiés aux plantes. Dans le présent FOCUS PLATEFORME… c’est au tour de la plateforme POPS (transcriptomique) de nous faire découvrir son expertise.
L’analyse de transcriptome est largement utilisée dans les projets de recherche. En offrant une vision exhaustive de l’activité des gènes d’un organisme, la transcriptomique permet d’explorer et d’identifier les mécanismes expliquant les phénotypes observés. Cette approche peut s’appliquer à n’importe quel échantillon (tissu ou espèce), cependant son utilisation reste souvent cantonnée à des questions relevant des designs expérimentaux relativement simples. Il y a probablement 2 raisons à cela. La première est la masse très importante de données générées qui nécessite une analyse complexe et experte. D’aucuns pensent que l’intelligence artificielle et les réseaux de neurones pourront lever ce verrou mais ces approches nécessitent une quantité énorme de mesures pour espérer identifier les structures explicatives et prédictives parmi les dizaines de milliers de transcrits analysés dans chaque échantillon. De même, les problématiques de l’agroécologie exigent des analyses faites au champ dans des conditions bien plus complexes (multiples espèces, multiples facteurs) et hétérogènes qu’au laboratoire. Cela nécessite là encore l’analyse d’un très grand nombre d’échantillons.
Afin d’apporter la puissance et la sensibilité de la transcriptomique à ces problématiques majeures, il faut donc la rendre accessible au plus grand nombre et en réduire drastiquement les coûts. La plateforme transcriptomique POPS offre un service de screening de transcriptome végétal à très haut débit (plusieurs centaines d’échantillons par projet) et à prix très réduit grâce à la technologie BRB-Seq et à l’automatisation de toutes les étapes (extraction d’ARN, fabrication des banques, dosages et multiplexage). Nos équipements nous permettent également de réduire les volumes réactionnels.
Par ce travail qui se poursuit encore actuellement avec l’étude du développement de ces espèces, la plateforme POPS démontre sa capacité à accompagner ses collaborateurs dans des projets « hors du laboratoire » depuis le design expérimental jusqu’à l’interprétation des données produites.
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Enfin, en février 2020, juin 2023 et juillet 2024, POPS publiait ses premiers FOCUS PLATEFORME… Redécouvrez- les ! FOCUS PLATEFORME : L'analyse transcriptomique passe au naturel ! FOCUS PLATEFORME : IPS2 / POPS : Au cœur de la défense des plantes contre les bactéries ! FOCUS PLATEFORME : Chez les orchidées, la triche a un coût
IPS2 / Plateforme de transcriptomique (POPS). La Plateforme de Transcriptomique des Plantes de Paris-Saclay (POPS) propose aux laboratoires académiques ou privés des outils d'analyse du transcriptome par séquençage à haut débit de l'ARN ou RNA-seq. Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes qu'elles soient modèles ou de culture. Le service proposé inclut la génération des données de RNA-seq, les analyses bio-informatiques et statistiques ainsi que des conseils sur l'interprétation des résultats. Nous accompagnons donc nos collaborateurs depuis le design expérimental jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités selon les exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012. Afin d'offrir à chaque collaborateur l'analyse la plus adaptée à ses questions biologiques, nous disposons des équipements et des outils d'analyses bio-informatiques et statistiques permettant la construction de transcriptome de novo, l'analyse d'accumulation des ARNs poly-adenylés ou non, des petits ARNs (miRNAs, siRNAs, ribo-seq..) et des ARN poly-adénylés de très petite quantité de départ (jusqu'à 50 pg). Pour les analyses d'expression tissu-spécifiques, nous offrons également des analyses de transcriptome après micro-dissection laser ou en cellule unique grâce à la technologie Chromium (10x Genomics, Rhapsody et scaleBiosciences). Par ailleurs, nous pouvons offrir à nos collaborateurs de sessions de formation sur une semaine à l'analyse statistique des données RNA-seq.
A propos de l’IPS2. L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire en combinant la génomique/epigénomique, la biologie cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, et la physiologie, développe des outils de modélisation indispensables pour une biologie prédictive, et facilite la recherche translationnelle des espèces modèles aux espèces cultivées.